1、污水水質。生活污水水質通常比較穩定，而工業廢水應該根據具體的水質情況進行工藝流程的合理選擇。

2、污水處理程度。這是污水處理工藝流程選擇的主要依據。污水處理程度原則上取決于污水水質特征、處理后水的去向和污水所流入水體的自凈能力。

3、污水水量。對于水量和水質變化較大的污水，應考慮采用抗沖擊負荷能力強的工藝，或者考慮設立調節池等緩沖設備以盡量減少影響。

4、建設及運行費用。

5、當地的自然和社會條件。如當地天氣寒冷，應該措施保證在低溫季節也能夠正常運行。

6、污水處理過程中是否會產生新的矛盾。注意是否會造成二次污染問題。例如制藥廠廢水中含有有機物，在曝氣過程中會有有機廢氣排放，對周圍大氣環境造成影響。

污水處理工藝選擇應綜合考慮各項因素，保證污水的達標排放。